統合ファイルは最初のファイルのスタイルとページ設定を使います。2 つのファイルが同じスタイル名を異なる定義で持つとき、最初のファイルの定義が勝ちます。ページ番号と目次は Word のフィールドです。統合はそのまわりの文書を変えますが、目次は最後に更新されたときにキャッシュしたページ番号を表示し続けます — 結果を Word で開き、フィールドを更新(すべて選択して F9)すると新しくなります。
統合はファイル #1 の見た目を保ちます → Word で開く → フィールドを更新して目次を直す。結合でなく版を比較するにはWord 比較を、スライドはPPT 統合を参照。